Kawasan Taman Nasional Meru Betiri merupakan hutan hujan tropis dengan formasi hutan bervariasi yang terbagi ke dalam 5 tipe vegetasi yaitu vegetasi hutan pantai, vegetasi hutan mangrove, vegetasi hutan rawa, vegetasi hutan rheophyte dan vegetasi hutan hujan dataran rendah. Kondisi setiap tipe vegetasi di kawasan Taman Nasional Meru Betiri dapat dijelaskan sebagai berikut :
Tipe Vegetasi Hutan Pantai

Tipe vegetasi ini tersebar di sepanjang garis pantai selatan dalam kelompok hutan yang sempit, umumnya menempati daerah sekitar teluk yang bertopografi datar, misalnya di Teluk Permisan, Teluk Meru, Teluk Bandealit, dan Teluk Rajegwesi. Formasi vegetasi hutan pantai terdiri dari 2 tipe utama yaitu formasi ubi pantai (Ipomea pescaprae), dan formasi Barringtonia (25 - 50 m) pada daerah pantai yang landai dan akan berkurang luasnya jika pantainya terjal dan berbatu. Formasi Pescaprae terdiri dari tumbuhan yang tumbuh rendah dan kebanyakan terdiri dari jenis herba, sebagian tumbuh menjalar. Jenis yang paling banyak adalah ubi pantai (Ipomoea pescaprae) dan rumput lari (Spinifex squarosus). Formasi Baringtonia terdiri dari keben (Baringtonia asiatica), nyamplung (Calophyllum inophyllum), ketapang (Terminalia catappa), pandan (Pandanus tectorius) dan lain-lain.

Tipe Vegetasi Hutan Mangrove

Vegetasi ini dapat dijumpai di bagian timur Teluk Rajegwesi yang merupakan muara Sungai Lembu dan Karang Tambak, Teluk Meru dan Sukamade merupakan vegetasi hutan yang tumbuh di garis pasang surut. Jenis-jenis yang mendominasi adalah pedada (Sonneratia caseolaris) dan tancang (Bruguiera gymnorhiza). Di muara sungai Sukamade terdapat nipah (Nypa fruticans) yang baik formasinya.

Tipe Vegetasi Hutan Rawa

Vegetasi ini dapat dijumpai di belakang hutan payau Sukamade. Jenis-jenis yang banyak dijumpai diantaranya mangga hutan (Mangifera sp), sawo kecik (Manilkara kauki), ingas/rengas (Gluta renghas), pulai (Alstonia scholaris), kepuh (Sterculia foetida).

Tipe Vegetasi Hutan Rheophyt

Tipe vegetasi ini terdapat pada daerah-daerah yang dibanjiri oleh aliran sungai dan jenis vegetasi yang tumbuh diduga dipengaruhi oleh derasnya arus sungai, seperti lembah Sungai Sukamade, Sungai Sanen, dan Sungai Bandealit. Jenis yang tumbuh antara lain glagah (Saccharum spontanum), rumput gajah (Panisetum curcurium) dan beberapa jenis herba berumur pendek serta rumput-rumputan.

Tipe Vegetasi Hutan Hujan Tropika Dataran Rendah

Merupakan hutan campuran antara hutan hujan dataran rendah dengan hutan hujan tropis pegunungan. Aneka flora hutan hujan tropis dataran rendah menutupi hampir semua permukaan daratan Taman Nasional Meru Betiri yang memiliki iklim panas dan curah hujan cukup banyak, serta terbagi merata. Hutan hujan tropis pegunungan di atas ketinggian 600 - 1.300 m dpl. Sebagian besar kawasan hutan Taman Nasional Meru Betiri merupakan tipe vegetasi hutan hujan tropika dataran rendah. Pada tipe vegetasi ini juga tumbuh banyak jenis epifit, seperti anggrek dan paku-pakuan serta liana. Jenis tumbuhan yang banyak dijumpai diantaranya jenis walangan (Pterospermum diversifolium), winong (Tetrameles nudiflora), gondang (Ficus variegata), budengan (Diospyros cauliflora), pancal kidang (Aglaia variegata), rau (Dracontomelon mangiferum), glintungan (Bischoffia javanica), ledoyo (Dysoxylum amoroides), randu agung (Gossampinus heptaphylla), nyampuh (Litsea sp), bayur (Pterospermum javanicum), bungur (Lagerstromia speciosa), segawe (Adenanthera microsperma), aren (Arenga pinnata), langsat (Lansium domesticum), bendo (Artocarpus elasticus), suren (Toona sureni), dan durian (Durio zibethinus). Terdapat pula vegetasi bambu seperti : bambu bubat (Bambusa sp), bambu wuluh (Schizastychyum blumei), dan bambu lamper (Schizastychyum branchyladium). Di dalam kawasan juga terdapat beberapa jenis rotan, diantaranya : rotan manis (Daemonorops melanocaetes), rotan slatung (Plectomocomia longistigma), rotan warak (Plectomocomia elongata) dan lain-lain.

Hingga saat ini di kawasan Taman Nasional Meru Betiri telah teridentifikasi flora sebanyak 518 jenis, terdiri 15 jenis yang dilindungi dan 503 jenis yang tidak dilindungi. Contoh jenis yang dilindungi yaitu Balanopora (Balanophora fungosa) yaitu tumbuhan parasit yang hidup pada jenis pohon Ficus spp. dan Padmosari/Rafflesia (Rafflesia zollingeriana) yang hidupnya tergantung pada tumbuhan inang Tetrastigma sp. Selain itu terdapat pula jenis flora sebagai bahan baku obat/jamu tradisional, dimana berdasarkan hasil uji petik di lapangan telah teridentifikasi sebanyak 239 jenis yang dapat dikelompokkan dalam 7 habitus, yaitu bambu, memanjat, herba, liana, perdu, semak dan pohon. Jenis-jenis tumbuhan obat di Taman Nasional Meru Betiri berdasarkan bagian yang digunakannya dibagi ke dalam 19 bagian, yaitu air batang, akar, batang/kayu, biji, buah, bunga, cabang/ranting, daun, getah, kulit batang, pucuk daun, rimpang, semua bagian, umbi, zat pati/zat pahit, nira, abu kayu, air kelapa dan herba bagian atas. Beberapa jenis tumbuhan obat unggulan yang menjadi prioritas untuk dikembangkan adalah Cabe Jawa (Piper retrofractum), Kemukus (Piper cubeba), Kedawung (Parkia roxburghii), kluwek/pakem (Pangium edule), kemiri (Aleuritus moluccana), pule pandak (Rauwolfia serpentina), kemaitan (Lunasia amara), anyang-anyang (Elaeocarpus grandiflora), sintok (Cinnamomum sintok), dan kemuning (Murray paniculata).